Jennifer wurde als Jennifer Anne Garner am 17. April 1972 in Houston (Texas, USA) geboren. Ihre Mutter Pat ist Englischlehrerin und ihr Vater Bill arbeitet als Chemie-Ingenieur. Neben Jennifer haben Pat und Bill Garner noch zwei weitere Töchter (eine ältere und eine jünger als Jennifer). Aufgewachsen ist Jen in Charleston (West Virginia), wo sie auf die George Washington High School ging. Als Kind hatte Jennifer eine große Leidenschaft: das Ballett. Da sie, wie sie selbst gestand, aber kein Talent dafür hatte, schlug sie mit ihrem Studium an der Denison University in Granville (Ohio) eine andere Richtung ein; sie studierte Chemie und Drama.

Nach ihrem Abschluss 1994 zog sie nach New York. Sie hielt sich mit kleinen Jobs über Wasser, arbeitete z.B. als Hilfskraft beim Theater. Mit 23 Jahren gab sie ihr Fernsehdebüt in Danielle Steel's "Zoya".  Schließlich zog es sie nach Los Angeles, wo sie als Tischanweiserin in einem Restaurant arbeitete. Nach einigen weiteren Gastauftritten in Serien und Filmen kam 1998 die Rolle die ihre Karriere ankurbelte. Sie sprach für die Rolle der Hanna in JJ. Abrams' Serie "Felicity" vor und wurde eingestellt. Dort lernte sie auch ihren ersten Mann Scott Foley kennen. Es folgten kleine Filmrollen in dem Kino-Hit "Pearl Harbor und "Ey Mann, wo ist mein Auto".

Jennifer überzeugte den Produzenten JJ. Abrams wohl so sehr von ihren schauspielerischen Fähigkeiten, dass er sie für seine neue Agentenserie "Alias" als Hauptrolle "Sydney Bristow" engangierte. Ihre Karriere nahm ihren Lauf. 2002 spielte sie in dem Steven Spielberg Film "Catch me if you can" an der Seite von Leonardo di Caprio und Tom Hanks.

Darauf folgte der Film "Daredevil", in dem sie neben ihrem heutigen Ehemann Ben Affleck die weibliche Hauptrolle spielte. 

Mit "30 über Nacht" zeigte sie das sie neben einer Actionheldin auch eine begnadete Komödiantin ist. Mit dem Spin-Off "Elektra" schlüpfte sie wieder die Rolle der Elektra Nachos, die sie auch in der Comic-Verfilmung Dardevil verkörperte. "Elektra" floppte leider an den US-Kinokassen. Im Jahre 2003 ließ sich Jennifer wieder von ihrem ersten Ehemann Scott Foley scheiden. 

Am Set von "Alias" verliebte sie sich in ihren Kollegen Michael Vartan. Diese Beziehung hielt leider nicht lange. 

Jetzt ist sie seit dem 29. Juni 2005 mit dem Schauspieler und "Daredevil" Ben Affleck verheiratet. 

Am 01. Dezember 2005 bekamen die Beiden ihr erstes Kind, Töchterchen Violet Anne Affleck. Jennifer übernahm mit der Hochzeit den Namen ihres Mannes und heißt nun Jennifer Affleck. 

Ihr Künstlername wird aber weiterhin Jennifer Garner bleiben.